NetworkXで外部ファイル読み込み

【実現したいこと】
どのノードとどのノードがつながっているかというリンク情報を表すedge.txtと、各ノードの座標情報を表すcoord.txtの2種類のファイルを読み込んで、グラフを描画するためのサンプルコードdraw_from_files.pyを作成する。

【グラフの種類】
重みづけなしの無向グラフ

上：【coord.txt】
下：【edge.txt】

	0 0
	5 4
	2 8
	9 1
	8 10

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coord

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	0 1
	0 2
	1 2
	1 3
	1 4
	3 4

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edge.txt

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coord.txtのn行目はノード(n-1)の座標を表している。
edge.txtの1行目はノード0とノード1にリンクが張られていることを示している。

【draw_from_files.py】

	# -*- coding: utf-8 -*-
	import numpy
	import matplotlib.pyplot as plt
	import pylab
	import networkx as nx
	#############################################
	## ここからリンク関係
	# リンク情報のみを反映させたグラフを作成
	# int型を指定しないとノード名（ラベル）を単純な数値にしてくれない
	G = nx.read_edgelist("edge.txt", nodetype=int)
	#############################################
	## ここから座標関係
	# 座標情報をndarray型として読み込む
	pos_array=numpy.loadtxt("coord.txt", dtype='int32')
	## arrayのままでも動くので訂正 2013.05.07
	# 座標情報は辞書型で表す
	#pos = {}
	# ndarrayの情報を「(x,y)」という値に変換する
	#for i in range(len(pos_array)):
	# pos[i] = (pos_array[i][0], pos_array[i][1])
	#############################################
	## ここから描画関係
	# 描画
	#nx.draw(G, pos)
	nx.draw(G, pos_array)
	# 保存
	plt.savefig("test_fig.png")
	plt.show()

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draw_from_files.py

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以下は、出来上がったグラフ。

リンク情報と座標情報から生成されたグラフ